По дошедшему до нас преданию, деревянная часовня Флора и Лавра поставлена изборянами на месте братского захоронения воинов, погибших в сражении с ливонцами в 1480 году. Построена она была позже.
Внутри часовни установлен большой каменный крест «на подножии с орудиями страстей с копием и тростью». Внизу мелкими буквами высечена надпись: «Лета 7000 (1492 года)миром поставлен крест на рабе Божием Стефане». Вероятно, изборянин Степан был не простым воином и чем-то особенно прославился в битве с ливонцами, которые тогда впервые нещадно палили из пушек по крепости. Говорят, что крест этот стоял на том месте, где сейчас стоит часовня, и был перенесен в нее позже. Рядом со Стефановым крестом - еще два безымянных креста...

Названа так часовня потому, что кровопролитная битва, о которой упомянуто выше, выпала на 18 августа (по ст. стилю) - на день святых мучеников Флора и Лавра.