В одном из этих пожаров церковь сгорела. Новый каменный храм во имя этих святых
изборяне возвели уже на посаде неподалеку от Никольского захаба. Точная дата его
постройки неизвестна. В стене храма была обнаружена забеленная вкладная доска с
надписью о его постройке в 1611 году. На вкладном камне есть надпись, что церковь
построена в 1779 году.
Церковь имеет двускатную железную кровлю. Над коньком кровли возвышается
небольшая декоративная главка. Храм состоит из двух частей - главной части и
притвора с одной апсидой. Главную композиционную роль в оформлении фасада
здания играет двухпролетная звонница. В ее основании находится сквозной арочный
проем, ведущий внутрь храма.
Интересны также церковные ворота - небольшие, с одним арочным проемом -
трапецевидная ниша для иконы. За воротами расположено небольшое прицерковное
кладбище.

До 1831 года церковь Сергия и Никандра имела свой приход и священника с
дьяконом, а затем была приписана к Никольскому собору. В 1963 году этот храм был
закрыт и через год передан народному Изборскому музею.

С 1965 года в храме находится экспозиция музея.

Кроме Никольского собора, на территории Изборской крепости располагалась деревянная церковь Сергия Радонежского и Никадра Псковского. Она была построена сразу после присоединения Пскова к Москве в честь двух святых: Сергия - покровителя и заступника Москвы и Никандра - псковского пустынника. В самом названии храма нашла отражение поддержка идеи единения земель.